Với vị trí địa lý của mình, Lyon là nơi hội tụ của rất nhiều cơ sở hạ tầng giao thông, và là điểm trung chuyển bắt buộc xuống phía Nam của hệ thống đường sắt châu Âu. Là điểm kết nối truyền thống giữa Paris và Marseille, Lyon ngày nay mở rộng việc kết nối sang phía đông, đặc biệt là những thành phố như Genève, Thuỵ Sĩ hay Turin, Italia. Sân bay quốc tế Lyon-Saint-Exupéry ngày càng phát triển mạnh nhờ vào tần suất hoạt động và số lượng các chuyến bay trung chuyển lớn.

Cơ sở hạ tầng đường sá

Phương tiện vận tải

Ngoài vùng Île-de-France, Lyon sở hữu hệ thống giao thông công cộng lớn nhất Pháp với 1,4 triệu lượt hành khách mỗi ngày [22][23], trong đó riêng hệ thống metro chuyên chở 681.000 lượt [23]), và 195 triệu lượt di chuyển mỗi năm[23].

SYTRAL là công ty chịu trách nhiệm quy hoạch hệ thống vận tải công cộng của toàn Grand Lyon. Thành phố có 4 tuyến metro (A, B, C, D), 4 tuyến tàu điện (tramway) (T1, T2, T3, T4), hai tuyến đường sắt cáp kéo, 8 tuyến xe điện bánh hơi và khoảng 150 tuyến bus.

Tháng 5 năm 2005, GrandLyon đưa vào hoạt động hệ thống xe đạp cho thuê (Vélo'v). Hệ thống này được đặt ở trong những khu vực thuộc thành phố và những vùng ngoại ô lân cận như Villeurbanne, Vaulx-en-Velin, Caluire-et-Cuire và Vénissieux. Hệ thống cho thuê tự phục vụ này đã trở thành một trong những hệ thống lớn nhất Pháp bên cạnh Vélib's của Paris [24]. 33.701 xe đạp được thuê mỗi ngày, riêng tháng 2/2009 đã có 315.712 lượt xe được sử dụng. Trên toàn Grand Lyon đang có 343 trạm xe được đưa vào hoạt động.

Có hơn 50 trạm đỗ taxi trong khu vực thành phố, ngoài ra còn một số lượng lớn các trung tâm taxi khác ở các vùng phụ cận.

Hệ thống đường sắt

Lyon có tất cả sáu ga đường sắt, gồm 2 ga dành cho đường sắt cao tốc TGV và 4 ga chuyên dùng cho những chuyến tàu hoả liên vùng.

• Ga Lyon-Part-Dieu: được xây dựng từ năm 1978 đến 1983 để thay thế cho ga Lyon-Brotteaux nhằm phục vụ cho những chuyến tàu cao tốc TGV tuyến Paris - Lyon. Đây là nhà ga lớn nhất của Lyon với 51,1 triệu lượt hành khách trong năm 2010. Đây cũng là ga có số lượng hành khách trung chuyển lớn nhất châu Âu
• Ga Lyon-Perrache: được đưa vào hoạt động từ năm 1857, đây là nhà ga đầu tiên ở Lyon, ngày nay là nhà ga lớn thứ 2 ở Lyon, với 10 triệu lượt hành khách trong năm 2010 [25].
• Ngoài ra còn 4 ga nhỏ dành cho những chuyến tàu hoả liên vùng là: ga Lyon-Vaise, ga Lyon-St-Paul, ga Lyon-Gorge-de-Loup và ga Lyon-Jean-Macé.

Mỗi ngày có 230 chuyến tàu cao tốc TGV di chuyển qua 2 nhà ga Part-Dieu và Perrache. Ngoài ra ở sân bay Lyon-Saint-Exupéry còn một nhà ga TGV nữa dùng để phục vụ cho các chuyến bay. Khu vực Lyon là một nút giao thông đường sắt quan trọng kết nối trục Paris-Marseille với những tuyến đường sắt khác trên toàn nước Pháp.

Sân bay

Lyon có 2 sân bay phục vụ cho mục đích thương mại và công nghiệp. Sân bay Lyon-Bron, hoàn thành năm 1924, khi đó được sử dụng cho việc vận quận hành khách trong giai đoạn giữa hai cuộc chiến. Nó dần trở nên quá tải và đến năm 1975 thì bị thay thế bởi sân bay quốc tế Lyon-Saint-Exupéry nằm cách đó 25 km về phía đông. Ngày nay sân bay Bron được sử dụng cho những chuyến bay cá nhân.

Ngày nay, Saint-Exupéry là sân bay lớn thứ ba của Pháp sau Charles-de-Gaulle và sân bay của Nice, kết nối với hầu hết những thủ đô và thành phố lớn của châu Âu. Hàng tuần Saint-Exupéry đón nhận những chuyến bay từ khoảng hơn một trăm thành phố, trong đó có những thành phố có 5 lượt máy bay mỗi ngày, tiêu biểu như Luân Đôn. Trong năm 2011, sân bay đã đón nhận 8,44 lượt hành khách.

Cảng

Lyon có một cảng sông duy nhất là cảng Édouard-Herriot ở quận 7